Wir haben Kunde über die Anwesenheit eines spartanischen Heers in Boiotien, das um 519 anscheinend die kleineren Poleis vor dem Hegemoniestreben Thebens schützen sollten. Der spartanische Heerführer, vermutlich König Kleomenes, soll insbesondere Plataia geraten haben, sich zwecks nachhaltigen Schutzes an Athen zu wenden, das näher liege als Sparta, da es nicht möglich sei, dauerhafte Präsenz zu zeigen. Sollte es diesen Ratschlag tatsächlich gegeben haben, so hat er weitreichende Folgen gehabt, begann doch der große Peloponnesische Krieg mit einem Überfall Thebens auf Plataia, dem Athen zur Hilfe eilte.
In den Perserkriegen stellte Boiotien nur wenige Hopliten für die Streitmacht, die die Thermopylen halten sollten, wohl weil sie davon ausgingen, dass sie den Persern ohnehin erliegen würden. Theben blieb „neutral“, d.h. perserfreundlich. Die 400 Hopliten, die schließlich erschienen, waren wohl gegen den Staatsbefehl anwesend. Rühmliche Ausnahme ist Thespiai, das mit großer Hoplitenmacht – an die 700 Mann – zugegen war. Die geringe Anwesenheit boiotischer Hopliten dürfte für Leonidas überraschend gewesen sein, hier hatte anscheinend die Hoffnung auf ein gemeingriechisches Vorgehen dessen diplomatische Absicherung verhindert.
In der Falle blieben schließlich die Boioter fast als einzige bei Leonidas‘ Spartanern. Die Thespier kämpften bis zuletzt, während anscheinend die Thebaner vor ihrem Untergang zurückschreckten und sich rechtzeitig ergaben.
Im Jahr danach kämpften die Boioter (mit Ausnahme der Plataier und der dezimierten Thespier) auf Seite der Perser bei Plataia, wo sie durch das athenische Kontingent besiegt wurden.
Nach Abwehr der Persergefahr scheinen die Boioter durch Sparta relativ schnell wieder anerkannt worden zu sein, wohl durch den wachsenden Antagonismus zu Athen, wodurch quasi natürlich die Feinde Athens zu Spartas Verbündeten wurden. So schickte Sparta um 457 sogar ein Heer mit 12000 Mann, um den Thebanern zu helfen, ihre durch die Perserkriege verlorene Hegemonie über Boiotien wiederherzustellen. Bei Tanagra besiegte Sparta, wohl mit thebanischer Unterstützung, die athenisch-argivische Interventionstruppe in einer großen Schlacht mit mindestens 26000 Hopliten, zog sich dann aber wegen der eigenen hohen Verluste schnell zurück, worauf die Athener mit ihren Verbündeten die Thebaner bei Oinophyta schlugen und Boiotien vorübergehend ihrem Herrschaftsgebiet eingliedern konnten, bis sie um 446 eine so verheerende Niederlage erlitten, dass ihnen ihr Festlandsbesitz entglitt, Megara und Euboia aus dem Bündnis fielen und sie ihre Aktionen gegen Boiotien und Sparta für einige Zeit einstellten.
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