In die Hegemoniezeit fällt die Phase der Verschlechterung der Beziehungen und des Aufstiegs Thebens als Macht von gesamtgriechischem Gewicht, die schließlich den alten Bündnispartner Sparta überflügelte, schlug und endgültig vom Thron stieß.
Sparta führte zunächst einen Krieg gegen die Perser, für den die Bündner auch Truppen zu stellen hatten. 396 jedoch weigerten sich die Thebaner ebenso wie die Korinther und Athener, das zu tun. Hierbei waren wohl sowohl die Unzufriedenheit mit der spartanischen Politik als auch das Geld, das der angegriffene Perser nun statt nach Sparta an dessen potenzielle Gegner schickte, hilfreich. Theben und Argos fielen über die peloponnesische Kolonie Herakleia Trachinia her und eroberten sie.
Sparta marschierte mit zwei Heeren nach Boiotien. Der spartanische Held des großen Peloponnesischen Kriegs Lysandros griff Orchomenos an, eine von Theben vergewaltigte boiotische Stadt und legte eine Besatzung hinein. Das gab Theben und Athen die Chance, sich zu verbünden und weitere Poleis in den Bund aufzunehmen. Auch in Haliartos, einer mit Theben verbündeten Stadt, hatte Lysander kein Glück. Er fiel bei der Attacke und König Pausanias zog mit seinem Heer gemeinsam mit Lysandros‘ Truppe ab. Sparta hatte nicht die Kraft, an zwei Fronten gleichzeitig zu kämpfen. Also wurde König Agesilaos aus Kleinasien zurückberufen.
Agesilaos marschierte auf dem Landweg mit seiner bunten Truppe Richtung Peloponnes. Noch bevor er in Boiotien ankam, schlug das zurückgebliebene Bürgerheer am Nemeabach das vordringende Bündnisheer, dem 5000 Boioter angehörten, vor allem Thebaner und Thespier. Agesilaos kam kurz danach in Boiotien an und schlug bei Koroneia erneut das sich ihm entgegenstellende Heer der Verbündeten unter Führung der Athener und Thebaner. In dieser Schlacht kämpfte Orchomenos an der Seite Spartas. Die Thebaner prallten auf dessen Kontingent und zerschlug es sofort. Da sie sich aber dann nach griechischer Sitte über den Troß hermachten, setzte ihnen der auf seinem Flügel siegreiche Agesilaos nach. In dem sich entwickelnden Durchbruchsgefecht wurde der spartanische König verwundet und die Thebaner entkamen geordnet. Sie stellten das Treffen als Sieg dar, zumal die Spartaner (wie geplant) aus Boiotien abzogen, eine halbe Mora als Besatzung in Orchomenos zurücklassend.
Nach einigen spannungsgeladenen Jahren wurde 386 der Königsfriede ausgerufen. Bei den Friedensverhandlungen in Sparta wollte Theben als außenpolitisch allein befugter Hegemon der Boiotier anerkannt werden, was Sparta unter dem Ruf der Autonomie für alle Städte nicht zuließ. Sparta hob seine Truppe aus und zog nach Norden, da lenkte Theben ein.
Die folgenden Jahre brachten 382, nachdem sich die Thebaner geweigert hatten, Sparta Truppen für einen Nordfeldzug auf der Chalkidike bereitzustellen, die Besetzung der thebanischen Stadtburg Kadmeia durch eine von einer einheimischen Gruppierung eingelassenen spartanischen Truppe. Die Vertreibung der spartanischen Besatzungstruppe drei Jahre später führte zu einem begeisterten Aufwallen Thebens, das seine Hegemoniestellung wieder einnahm und durch systematische Maßnahmen ausbaute und sicherte. Im folgenden Jahr konnte ein spartanischer Angriff abgewehrt werden. Weitere drei Jahre später wurden zwei spartanische Morai des Bürgerheers bei Tegyra von den Thebanern besiegt, ein schmerzhafter Verlust an Vollbürgern war die Folge. Ein daraufhin in Sparta erfolgender Friedenskongress zeigte keinen Erfolg, da Theben wiederum für Boiotien insgesamt zu schwören verlangte und deshalb aus der Vereinbarung ausgeschlossen blieb.
Theben ging dann im Angesicht seiner offensichtlich großen Stärke dazu über, widerspenstige Poleis in Boiotien nicht nur zu bekriegen, sondern auch völlig zu zerstören. Plataia und Thespiai fanden so um 372 ihr Ende. Im folgenden Jahr sollte wieder ein Landfriede geschlossen werden. Sparta gab angesichts seiner schwachen Position sogar ohne unmittelbare Bedrohung die bevormundeten Poleis frei und zog seine Harmosten ab. Theben stellte die mittlerweile gewohnte Forderung auf. Es wurde durch den Verlauf des Kongresses völlig isoliert und Sparta witterte die Chance, den Rivalen kaltzustellen. Die Ephoren mobilisierten und König Kleombrotos zog mit dem Heer nach Boiotien, wo er thebanische Befestigungsanlagen in Kreusis und Siphai schleifte. Bei Leuktra lernte Sparta den Grund für das thebanische Selbstbewusstsein kennen und verlor für alle Zeiten die Vorherrschaft in Hellas.
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