Trotz ihrer großen Rolle im Kampf sowohl gegen die Perser ab 480 als auch um die Vorherrschaft in Hellas gegen den attischen Seebund blieben das Flottenwesen und der Seekrieg der bürgerlichen Mentalität der Spartiaten fremd. So wurden denn spartanische Flottenunternehmen dem Staat entweder von außen angetragen oder sogar aufgezwungen. Eigenständige und strategisch ausgerichtete Flottenpolitik betrieb Sparta nur gegen Ende des großen Peloponnesischen Kriegs.
Der Kampf der Kriegsschiffe stellte für den Spartiaten keine angemessene Möglichkeit dar, Ehre zu gewinnen und sich als tüchtiger Mann zu beweisen. Die Besatzungen der Schiffe setzten sich aus Perioiken, Mietruderern und Heloten zusammen. Selbst der Schiffsführer war üblicherweise kein Vollbürger – nur die Flottenführung wurde anscheinend immer durch Spartiaten ausgeübt. Diese allerdings wurden nicht dafür ausgebildet und waren dementsprechend völlig unbedarft in Sachen der Seekriegsstrategie. Auch Erfahrungen als Befehlshaber konnten sie kaum sammeln, da sie nach einem Jahr abgelöst wurden.
Umso weniger waren die Seekriegstechniken außerhalb der Schlacht in das Bild des tüchtigen Mannes einzuordnen: Kaperkrieg, Städtebelagerungen und überfallmäßige Küstenverwüstungen waren keine Aktionen, mit denen man sich beweisen konnte.
Zwar war das spartanische Admiralsamt (Nauarchia) und das des Schiffskommandanten (Trierarchia) eine Möglichkeit, eine Sprosse einer militärischen oder auch politischen Karriereleiter zu nehmen. So war der Kommandantenposten eine Station im steilen Aufstieg des Brasidas und Lysandros kam durch sein Flottenführeramt zu so großer Macht, dass er später entscheidend bei Bündnisverhandlungen mit den persischen Satrapen und sogar bei der lakedaimonischen Königswahl mitwirkte. Aber mit diesen Ämtern allein konnte keine Spitzenposition errungen werden, zumal zumindest das Admiralsamt ein einjähriges ohne Wiederwahlmöglichkeit war. Diese strikte Regelung wurde zwar im 4. Jahrhundert aufgeweicht, sodass nach einer Unterbrechung die Wiederwahl möglich wurde, aber eine direkte Wiederwahl blieb wohl ausgeschlossen. Allerdings war ein weiterer Einsatz in hervorgehobener Position möglich: Die Position des Adjutanten, des ebenfalls jährlich von der Versammlung gewählten Epistoleus, konnte mehrfach und ohne Unterbrechung von derselben Person besetzt werden. Gelegentlich wurde der alte Nauarch Epistoleus des neuen, der u.U. damit sogar als Alibimann völlig hinter dem Epistoleus versteckt blieb und der erfahrene und erfolgreiche Mann weiter die Geschicke der Flotte lenkte.
Der Nauarch hatte große Befehlsgewalt, da er unabhängig vom König als Feldherren das Landheeres operierte. Zu Beginn seiner Amtszeit bekam er Anweisungen aus Sparta und auch während des Dienstjahres wurde Kontakt mit den Behörden gehalten. Trotzdem konnte er weitgehend unabhängig agieren. Er war auch Befehlshaber über die Städte und Gegenden, die nur per Flotte erreicht werden konnten bzw. die er für Sparta gewann. In dieser Funktion konnte er auch Statthalter (Harmosten) einsetzen, die nicht in erster Linie dem König oder den Behörden, sondern ihm verpflichtet waren. Gerade diese Machtfülle und das Agieren außerhalb des Kosmos sollte durch die kurze Amtszeit ohne Wiederwahl begrenzt werden. Gelegentlich wurde dem Nauarchen eine Gruppe von „Ratgebern“ mitgegeben, die durchaus auch Kontrollfunktion haben konnte.
Bemerkenswert und bezeichnend ist, dass der bekannteste und erfolgreichste Nauarch, Lysandros, später von den Behörden aus offiziellen politischen Ämtern herausgehalten wurde und sein und damit Spartas größter Flottensieg, der schließlich den großen Peloponnesischen Krieg zu Ende brachte, die Schlacht bei den Aigospotamoi 405, gar nicht als Seeschlacht geschlagen wurde, sondern Lysandros die athenische Flotte durch offensichtliche Untätigkeit so lange in Sicherheit wiegte, bis die Schiffe anlegten und sich die Besatzungen an Land zerstreuten, sodass sie dem Überraschungsangriff weitgehend ohne Gefecht auf dem Strand und vor Anker liegend zum Opfer fielen.
Ferner überstieg der finanzielle Aufwand für den Unterhalt von Flotten die spartanischen Möglichkeiten vollständig. Sie konnte sich nicht durch die Beiträge von Bündnern finanzieren und auch nicht selbst zu ihrem Unterhalt beitragen, da Sparta über keine Handelsflotte verfügte und auch die Steuereinnahmen aus dem Land selbst minimal waren. Nur durch persische Subsidien bzw. Kriegsbeute konnte sie finanziert werden. Als im Krieg gegen Persien die komplette spartanische Flotte 394, bereits ein Jahr nach Lysandros‘ Tod, durch einen persischen Verband unter dem ehemaligen athenischen Admiral Konon zerstört wurde, stellte Sparta keine nennenswerte Flotte mehr auf und das Amt des Nauarchen scheint 373 letztmalig besetzt worden zu sein. Im allgemeinen Friedensschluss von 371 erklärte sich Sparta bereit, seine überseeischen Bestrebungen aufzugeben und das Meer wurde (wie bereits zuvor mehrmals) den anderen überlassen.